Nato nel 1457, è il figlio di frate Filippo, che lo ha avuto da una “peccaminosa” relazione con una monaca, Lucrezia Buti.

Come il padre Filippino si dedica alla pittura. Alla morte del padre, a Spoleto, nel 1469, ne completa gli affreschi sulle Storie della Vergine, nel duomo della città.

A Firenze, nel 1472, entra nella bottega di Botticelli. Assieme al Botticelli nel 1481 si dedica agli affreschi nella cappella Brancacci, chiesa di Santa Maria del Carmine a Firenze. Sempre a Firenze lavora a diversi quadri, fra cui alcuni capolavori, come la Visione di san Bernardo (1485) e la Pala degli Otto per la sala dei Duecento a Palazzo Vecchio (1486).

A Roma agli inizi degli anni Ottanta, per incarico di Lorenzo il Magnifico si dedica agli affreschi della cappella Carafa.

In quegli anni Firenze era in preda a una crisi che vedeva scontrarsi lo sfarzo dell’aristocrazia del Medici e lo spiritualismo mistico di Savonarola. Questa crisi era palese anche nelle opere dei pittori che parteggiavano per l’uno o per l’altro dei contendenti. Opera di intenso misticismo è la copio di pannelli con San Giovanni Battista e la Maddalena.

L’ultima opera di Filippino, del 1504 anno della sua morte, la Deposizione per la chiesa della santissima Annunziata a Firenze, rimase incompiuta, e fu completata dal Perugino.

Lo stile di Filippino Lippi è caratterizzato soprattutto da intense visioni scenografiche e da citazioni classiche ricuperate in senso filologico.